वर्तमान में मलेरिया के इलाज के लिए उपयोग की जाने वाली 4 प्रमुख दवा श्रेणियों में क्विनोलिन-संबंधित यौगिक, एंटीफोलेट्स, आर्टीमिसिनिन डेरिवेटिव और रोगाणुरोधी शामिल हैं। परजीवी के जीवन चक्र के सभी रूपों को खत्म करने वाली कोई भी दवा अभी तक खोजी या निर्मित नहीं की गई है। इसलिए, मलेरिया संक्रमण से सहक्रियात्मक रूप से निपटने के लिए अक्सर एक या अधिक वर्ग की दवाएं एक ही समय में दी जाती हैं।
उपचार के नियम संक्रमण की भौगोलिक स्थिति, संभावित प्लास्मोडियम प्रजाति और रोग की गंभीरता पर निर्भर होते हैं।