जन्मजात मलेरिया को सात दिन से कम उम्र के नवजात शिशुओं के एरिथ्रोसाइट्स में प्लास्मोडियम परजीवी की उपस्थिति के रूप में परिभाषित किया गया है, जो गर्भावस्था में मलेरिया का एक महत्वपूर्ण परिणाम है। नैदानिक रूप से स्पष्ट जन्मजात मलेरिया उन क्षेत्रों में दुर्लभ है जहां मलेरिया स्थानिक है और मातृ एंटीबॉडी का स्तर उच्च है।
जन्मजात मलेरिया के सबसे आम नैदानिक लक्षण बुखार, एनीमिया और स्प्लेनोमेगाली हैं। अन्य संकेतों और लक्षणों में हेपेटोसप्लेनोमेगाली, पीलिया, उल्टी, पतला मल और खराब आहार शामिल हैं।