माइक्रोस्कोप से देखी गई शरीर की कोशिकाओं, ऊतकों और अंगों की संरचना का अध्ययन। सूक्ष्म शरीर रचना विज्ञान उन संरचनाओं से संबंधित है जिन्हें आवर्धन के बिना नहीं देखा जा सकता है। सूक्ष्म शरीर रचना विज्ञान की सीमाएँ उपयोग किए गए उपकरणों की सीमा से स्थापित होती हैं। एक प्रकाश सूक्ष्मदर्शी से, आप कोशिका संरचना का बुनियादी विवरण देख सकते हैं; एक इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप से, आप व्यक्तिगत अणुओं को देख सकते हैं जो केवल कुछ नैनोमीटर के पार हैं।