प्लांट माइक्रोब्स को उन जीवों और पर्यावरणीय स्थितियों के अध्ययन के रूप में परिभाषित किया गया है जो पौधों में बीमारी का कारण बनते हैं, वे तंत्र जिनके द्वारा ऐसा होता है, इन कारक एजेंटों और पौधे के बीच की बातचीत (पौधे की वृद्धि, उपज और गुणवत्ता पर प्रभाव)। संक्रामक रोग पैदा करने वाले जीवों में कवक, ओमीसाइकेट्स, बैक्टीरिया, वायरस, वाइरोइड, वायरस जैसे जीव, फाइटोप्लाज्मा, प्रोटोजोआ, नेमाटोड और परजीवी पौधे शामिल हैं। पादप रोगविज्ञान में रोगज़नक़ की पहचान, रोग एटियलजि, रोग चक्र, आर्थिक प्रभाव, पादप रोग महामारी विज्ञान, पादप रोग प्रतिरोध का अध्ययन भी शामिल है।