माइक्रोबियल कवक अधिकांश फाइटोपैथोजेनिक कवक एस्कोमाइसेट्स और बेसिडिओमाइसेट्स से संबंधित हैं। बायोट्रॉफ़िक कवक रोगजनक जीवित पौधों के ऊतकों में निवास करते हैं और जीवित मेजबान कोशिकाओं से पोषक तत्व प्राप्त करते हैं। फंगल रोग पौधों की अन्य बीमारियों की तुलना में अधिक व्यापक और अधिक विनाशकारी दोनों हैं; वे उपज को कम करते हैं और फसल की गुणवत्ता को काफी कम कर देते हैं, और वे फलों के पेड़ों और बेरी के खेतों के उत्पादक जीवन काल को छोटा कर देते हैं।