रोगजनक बैक्टीरिया वे बैक्टीरिया होते हैं जो संक्रमण का कारण बन सकते हैं। अधिकांश बैक्टीरिया हानिरहित या अक्सर फायदेमंद होते हैं, कुछ रोगजनक होते हैं, जिनकी प्रजातियों की संख्या 100 से कम होने का अनुमान है जो मनुष्यों में संक्रामक रोगों का कारण बनती हैं। इसके विपरीत, मानव पाचन तंत्र में कई हज़ार प्रजातियाँ मौजूद हैं। सबसे अधिक बीमारी वाले जीवाणु रोगों में से एक तपेदिक है, जो माइकोबैक्टीरियम ट्यूबरकुलोसिस जीवाणु के कारण होता है, जो प्रति वर्ष लगभग 2 मिलियन लोगों को मारता है, ज्यादातर उप-सहारा अफ्रीका में। रोगजनक बैक्टीरिया अन्य विश्व स्तर पर महत्वपूर्ण बीमारियों में योगदान करते हैं, जैसे निमोनिया, जो स्ट्रेप्टोकोकस और स्यूडोमोनास जैसे बैक्टीरिया के कारण हो सकता है, और खाद्य जनित बीमारियाँ, जो शिगेला, कैम्पिलोबैक्टर और साल्मोनेला जैसे बैक्टीरिया के कारण हो सकती हैं। रोगजनक बैक्टीरिया टेटनस, टाइफाइड बुखार, डिप्थीरिया, सिफलिस और कुष्ठ रोग जैसे संक्रमण का कारण भी बनते हैं। विकासशील देशों में उच्च शिशु मृत्यु दर का कारण रोगजनक बैक्टीरिया भी हैं।