मल प्रत्यारोपण एंटीबायोटिक चिकित्सा की जटिलता के बार-बार होने के उपचार के रूप में किया जाता है, जो दस्त, पेट में ऐंठन और कभी-कभी बुखार से जुड़ा हो सकता है।
यह बार-बार होने वाले सी. डिफिसाइल कोलाइटिस के इलाज के लिए एक स्वस्थ दाता से जठरांत्र संबंधी मार्ग में मल का स्थानांतरण है। फेकल प्रत्यारोपण आमतौर पर कोलोनोस्कोपी द्वारा किया जाता है और आमतौर पर नासोडुओडेनल ट्यूब द्वारा किया जाता है। कोलोनोस्कोपी के दौरान कोलोनोस्कोप पूरे कोलन से होकर आगे बढ़ता है। जैसे ही कोलोनोस्कोप निकाला जाता है, दाता मल को कोलोनोस्कोपी के माध्यम से रोगी के कोलन में पहुंचाया जाता है।