क्रोमोसोमल विपथन व्यक्तिगत गुणसूत्र की संरचना में परिवर्तन हैं जो अनायास या उत्परिवर्तजन एजेंटों के माध्यम से प्रेरण द्वारा हो सकते हैं। इस तरह के परिवर्तनों के परिणामस्वरूप जीन में मात्रात्मक परिवर्तन हो सकता है या गुणसूत्र खंडों के नुकसान, लाभ या पुनः आवंटन के माध्यम से जीन की पुनर्व्यवस्था हो सकती है।