एन्सेफलाइटिस फ्लू जैसे लक्षण पैदा कर सकता है, जैसे बुखार या गंभीर सिरदर्द। यह भ्रमित सोच, दौरे, या इंद्रियों या गति में समस्याएं भी पैदा कर सकता है। हालाँकि, एन्सेफलाइटिस के कई मामलों में केवल हल्के फ्लू जैसे लक्षण या कोई लक्षण नहीं होते हैं। एन्सेफलाइटिस के गंभीर मामले, हालांकि अपेक्षाकृत दुर्लभ हैं, जीवन के लिए खतरा हो सकते हैं। चूँकि एन्सेफलाइटिस के किसी भी एक मामले का कोर्स अप्रत्याशित हो सकता है, इसलिए समय पर निदान और उपचार प्राप्त करना महत्वपूर्ण है।