आणविक पारिस्थितिकी जीव विज्ञान की एक शाखा है जो पारिस्थितिकी का अध्ययन करने के लिए आनुवंशिकी से संबंधित कई विशिष्ट क्षेत्रों की तकनीकों और ज्ञान का उपयोग करती है और कैसे आनुवंशिकी और प्रजातियों का विकास पारिस्थितिक कारकों से प्रभावित होता है। इन अध्ययनों का ध्यान आम तौर पर शुद्ध प्रयोगशाला अनुसंधान के बजाय क्षेत्रीय अध्ययन पर केंद्रित माना जाता है। आणविक पारिस्थितिकीविज्ञानी प्रजातियों के बीच आनुवंशिक संबंधों के विकास और पर्यावरणीय कारकों को कैसे प्रभावित कर सकते हैं, इसका अध्ययन करते हैं। वे प्रजातियों और प्रजातियों के भेदभाव के विकासवादी इतिहास को मापने के लिए आनुवंशिकी के अध्ययन के माध्यम से प्राप्त डेटा का भी उपयोग करते हैं।
कई कारणों से आणविक पारिस्थितिकी में क्षेत्र अनुसंधान पर जोर दिया जाता है। इनमें से प्राथमिक यह है कि आणविक पारिस्थितिकी स्वयं आनुवंशिकी और प्रजातियों के विकास को पारिस्थितिक और पर्यावरणीय कारकों से प्रभावित करने के तरीके के इर्द-गिर्द घूमती है। एक और प्रमुख विचार यह है कि कई विषय, विशेष रूप से सूक्ष्मजीव, प्रयोगशाला संस्कृति और अध्ययन के लिए आसानी से उपलब्ध नहीं हैं। बेशक, आणविक पारिस्थितिकी पूरी तरह से एक क्षेत्रीय अनुशासन नहीं है, और प्रयोगशाला में भी बहुत काम किया जाता है, लेकिन पुरातत्व विज्ञान की तरह, इस क्षेत्र में भी बहुत महत्वपूर्ण काम किया जाता है और किया जाता रहेगा।
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