बायोप्रोस्पेक्टिंग पारंपरिक दवाओं का व्यावसायिक उत्पादों के रूप में विकास है। विकसित दुनिया की फार्मास्युटिकल कंपनियां अक्सर पारंपरिक उपचारों में रासायनिक रूप से सक्रिय अवयवों की तलाश करती हैं, जिन्हें वे वाणिज्यिक फार्मास्युटिकल उत्पादों में विकसित कर सकें। इसकी उन लोगों द्वारा 'बायोपाइरेसी' के रूप में तीखी आलोचना की जाती है जो मानते हैं कि यह स्वदेशी ज्ञान का शोषण करता है। वे इस तथ्य की ओर इशारा करते हैं कि कंपनियां मूल उपयोगकर्ताओं को पहचाने बिना पारंपरिक इलाज से प्राप्त दवा को बेचने का प्रयास कर सकती हैं। अन्य लोगों का तर्क है कि फार्मास्युटिकल कंपनियों द्वारा अनुसंधान और विकास में भारी निवेश उन्हें यह अधिकार देता है। हाल के मामलों में दवा के पारंपरिक उपयोगकर्ताओं और दवा कंपनियों के बीच समझौते देखे गए हैं। उदाहरण के लिए, हुडिया एक पौधा है जिसका उपयोग दक्षिण अफ्रीका के सैन लोग शिकार करते समय या लंबी यात्रा करते समय भूख दबाने के लिए करते हैं। सैन और फार्मास्युटिकल कंपनी फाइजर के बीच लंबी बातचीत हुई, जो हुडिया पर आधारित उत्पाद विकसित करने में रुचि रखती थी। अंततः सैन ने हुडिया पर आधारित किसी भी उत्पाद से रॉयल्टी का अधिकार जीत लिया।
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